系統発生 (系統発生) とも呼ばれる 用語 は、生物のグループの進化関係、つまり系統発生関係の仮説を定義するために日常的に使用される用語です。言い換えれば、既知の種間の祖先関係を決定することを目的とした用語と定義できます。
Willi Henning によって提案されたこれらのグループの系統学的研究は、 系統発生体系学 として知られており、通常、グループとその 分類法 の妥当性をテストすることを目的としています。この観点に従って、確認された単系統グループのみが天然のものとして受け入れられます。系統発生系統学は新しい手法開発の基礎であり、現在では主流となっているのは 系統分類学 です。
系統発生を推定するために一般的に観察される方法には、マルコフ連鎖モンテカルロ (MCMC) アルゴリズムを使用した倹約法、最尤法、ベイズ推論などがあります。距離ベースの方法では、系統関係を近似する役割を担う、全体的な類似性に基づいたツリーが作成されます。倹約を除いて、残りの方法は、問題の種における重み付けされた形質の進化を記述する役割を担う数学的モデルに依存しており、通常は分子系統発生に使用され、整列したヌクレオチドが形質とみなされます。
19 世紀の終わりまでに、 ヘッケルの生物遺伝の法則は 広く受け入れられました。この理論は、「 個体発生 は系統発生を再現する」と説明されています。言い換えれば、生物の発達は種の進化的発達を確実に反映しているということです。 チャールズ・ダーウィン と グレゴール・メンデル がそれぞれ確立した進化学と遺伝学と相容れないため、20世紀初頭には多くの人がこの考えの支持をやめました。
生物間の遺伝子伝達は 2 つの方法で発生します。1 つは垂直伝達 (先祖から子孫へ)、もう 1 つは横方向伝達 (関係が確立されていない生物への遺伝子の移動) で、これは原核生物では一般的です。
比較生物学技術の発展の結果、大量の形態学的、生態学的および行動学的データを、DNA または アミノ酸 配列に由来する情報と比較することが可能になりました。分析された文字はマトリックスにエンコードされ、さまざまな前提に基づいて、系統発生または系統樹と呼ばれる図が作成されます。生物のグループに共通の起源がある場合、それは自然のものであると考えられます。このグループが認識された分類群を表す場合、それは有効または自然であると見なされます。
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