脊索動物の呼吸は、 肺、鰓、または皮膚で行われます。 祖先 脊索動物 には、原索動物と同様の複雑な 鰓 があります。これらの構造は、最初は濾過による摂食を行うために進化し、これらの動物の呼吸はおそらく皮膚を通して行われたと考えられます。内呼吸えらは 咽頭 から進化し、胎児期の咽頭の側壁には咽頭嚢として知られる6対以上の脱出が発達しました。 鰓嚢は有顎動物に存在し、各嚢は体表に独自の外部孔を持っている場合があります（頭蓋類、無棘類、 ヤツメウナギ の場合）、または同じ側の嚢が共通の管または孔を介して外部と連絡している場合があります（魔女の場合）。鰓室は内部で咽頭腔と口腔に接続されていますが、各鰓室の 1 つの開口部を通した双方向の水の動きによって換気されます。 胎児の発育中に、これらの動物の咽頭領域には鰓裂が見られますが、 肺 で呼吸する高等 脊椎動物 では、これらの鰓裂はこの期間後に消失します。たとえば魚の場合、鰓弓は成体の機能的な鰓を形成します。
